本中心隸屬於臺北市政府衛生局,為本府二級機關,置主任、秘書各1人,下設個案管理組、健康促進組、會計室及人事機構,預算員額23人,組織架構圖如下:
一、中心本部(另開視窗)包含主任(1人)、秘書(1人)。
二、個案管理組(另開視窗) (11人):掌理家戶健康管理、弱勢族群服務、優生保健、中老年防治、及其他個案管理等事項。
三、健康促進組(另開視窗) (9人):掌理社區健康營造、安全社區與高齡友善城市、長者健康促進、急救技能訓練、菸害防制、衛生教育宣導、研考、文書管理、採購、庶務、出納等事項。
四、兼辦會計室(另開視窗) (預算員額1人、兼辦1人):秉承上級主計機關之監督及指導,依法辦理歲計、會計、統計等事項。
五、兼辦人事機構(另開視窗) (兼辦1人):秉承上級人事機關之監督及指導,依法辦理人事管理查核等事項。